C'est en 1985 que la totalité des archives du Comité d'histoire de la Deuxième Guerre mondiale a été versée aux Archives nationales. Néanmoins, en raison de ses champs de recherche, l'Institut d'histoire du temps présent a eu l'autorisation de conserver quelques documents en double. Il s'agit principalement des pièces concernant les mouvements et réseaux de la Résistance et des témoignages sur l'internement et la déportation. Les règles de communication des documents sont celles appliquées aux Archives nationales : libre communicabilité pour la plupart d'entre eux, reproduction soumise à autorisation. Les cartons portent la cote des Archives nationales, série 72 AJ, mais ne sont pas toujours à l'identique et certains dossiers restent incomplets par rapport aux originaux.