Le bâtiment abrite une exposition de référence de 3 500 m2, des espaces d’exposition temporaire, un atelier pour le public scolaire, un auditorium de 200 place­s, un centre de documentation disposant d’un cabinet d’arts graphiques et une librairie-boutique.­

Plus de 2 600 ans d'histoire à parcourir : le nouveau parcours muséographique s’appuie sur 2 idées fortes : Marseille est la plus ancienne ville de France et c’est une ville portuaire ouverte sur la mer Méditerranée. Partant de ces deux évidences, le visiteur découvre l’histoire de la ville grâce à un fil d’Ariane maritime reliant 13 séquences chronologiques, des premières occupations préhistoriques aux développements urbains contemporains. Grâce aux recherches des scientifiques et à la documentation des pièces de la collection, le parcours du musée raconte les hommes et les femmes, inconnus ou célèbres, qui ont participé à l’histoire de Marseille.