Avec la défaite de juin 1940 les Basses-Pyrénées sont coupées en deux par la ligne de démarcation. Dès la fin de 1940, des réseaux d’évasion vers l’Espagne s’organisent. Plusieurs milliers de personnes leur doivent la liberté et la vie. C’est la contribution la plus importante du département à la victoire alliée. A la fin de 1942 et au début de 1943, l’occupation allemande s’étend à tout le département. Très vite, les relations avec la population se tendent. Les premiers actes de sabotage sont signalés. Des maquis se forment en Béarn et en Soule. L’année 1944 est celle de la Libération. Mais c’est aussi l’une des periodes les plus violentes de l’histoire de département. En mars, le bombardement de Biarritz fait 143 morts. Les opérations allemandes contre les maquis, entre juin et août 1944, font de nombreuses victimes, dont beaucoup de civils. Les Allemands quittent le département entre le 20 et le 26 août 1944. La Résistance capture plusieurs garnisons : Tardets, Gabas, Bedous. Après les fêtes de la victoire et les inévitables règlements de compte contre les « collabos », vrais ou supposés, c’est le retour progressif à la démocratie jusqu’aux élections du printemps 1945.

Les fonds d’archives concernant cette période sont particulièrement riches : les Archives départementales et communales conservent des centaines de dossiers où l’on trouve des rapports administratifs et des documents de gestion communale, mais aussi des témoignages, des lettres, des affiches, des photographies.