Les combats débutent à partir du 9 septembre 1943. Ils prennent souvent la forme d'actions de harcèlement, d'une guerilla combinant l'action des forces régulières et des francs-tireurs. Cependant, la réalité des combats change d'une région à une autre.

Pendant les huit à dix premiers jours suivant l'insurrection, les résistants combattent sans aide. Ils sont souvent peu expérimentés, la plupart n'ayant pas à proprement parler de formation militaire solide. Mal équipés, peu armés, ils ont pour eux la connaissance du terrain, une détermination sans faille et l'aide de la population sur le plan logistique notamment. 
A compter du 17 septembre, ils peuvent compter sur des renforts particulièrement aguerris : tirailleurs marocains, spahis, goumiers et soldats de l'artillerie et du génie ont été entraînés en conditions réelles et s'avèrent fins tacticiens dans les nombreux cols que traversent les zones de combats. La situation, bien que délicate, offre une chance de se retourner avec l'arrivée de quelque 6 000 hommes parés au combat, équipés d'environ 400 tonnes d'armes, de jeeps, de pièces antiaériennes, de carburant et de vivres. Les résistants corses servent aussi de guides aux hommes du bataillon de choc, qui ne disposent pas de carte d'état-major.

Dans la soirée du 12 septembre, Bastia avait été reprise par les Allemands, trois semaines d’occupation allaient suivre. Pour la reprendre, les patriotes insurgés se livrent à des actions de guerilla contre des dépôts allemands d'armes, de carburant, de munitions à Champlan et à Quenza et de harcèlement continuel des colonnes de la Sturmbrigade Reichsfuhrer SS, qui dispose d'une unité de DCA. Par ailleurs, la 90e Panzer division, forte d'environ 10 000 hommes, arrive, après la capitulation italienne, de Sardaigne vers Bonifacio. Elle a besoin de contrôler le port de Bastia pour passer en Italie, ce qui donne lieu à un affrontement entre militaires italiens et allemands. Cependant, le général Senger und Utterlin n'a pris encore la mesure ni de la Résistance locale, ni du comportement italien ; aussi lui devient-il indispensable de s'emparer, en plus de Bastia, de la base d'Ajaccio, seul accès possible aux troupes venues d'Afrique du Nord.

Le 13 septembre, les Italiens reçoivent officiellement l'ordre de combattre les Allemands. Alors que le général Ticchioni, notamment, répugne à agir contre les alliés de la veille et surtout contre les Chemises noires, c'est à cette date que commencent à arriver par Ajaccio les premiers secours d'Alger, mandatés dans le cadre de l'opération Vésuve. Une partie des forces italiennes soutient néanmoins l'effort de libération, de sorte que l'on parle désormais de cobelligérance. Les tractations engagées dès août par le commandant Gianni Cagnoni, à la tête de l'unité des Chemises noires de Bastia, auprès des résistants aboutissent à son ralliement contre les forces allemandes.

A Barchetta-Campile (Haute-Corse), les combats se déroulent du 9 au 22 septembre. Le 21 septembre, un groupe de francs-tireurs de Rubio et Lano, sous les ordres du lieutenant Beovardi, s’amalgame au groupe du commandant Pietri, venu de Sartène, qui effectue une pointe dans les lignes ennemies de la zone.

Au col de Teghime (548 mètres), sur la route qui relie Saint-Florent à Bastia, les goumiers et le 88e RI de la division Friuli s'engagent, tandis que les forces allemandes sont retranchées dans des blockhaus hérissés de mitrailleuses, de canons de 75, de 105 et de quatre impressionnants obusiers de 152. Le ravitaillement a le plus grand mal à arriver. Les goumiers doivent conquérir les crêtes une à une, après progression dans un maquis coupé de failles et parsemé de rochers abrupts. A l'aube du 2 octobre, le 47e goum approche du mont Secco, haut de 662 mètres. Les Marocains perdent 25 hommes, mais parviennent à enlever le mont avec le concours de l'artillerie italienne. Devant la ruée des goumiers, les Allemands décrochent du col de Teghime afin d'éviter le corps à corps. Le col sera renommé "col des goumiers" en hommage au courage des soldats nord-africains.

Au sud, à San Gavino di Carbini, village natal de Jean Nicoli et importante poche résistante, le 10 septembre, les résistants parviennent à détruire un convoi de sept véhicules sur la route qui serpente entre Zonza et San Gavino, puis se livrent à l'attaque d'un second convoi entre Levie et San Gavino, détruisant deux véhicules. Le village est mitraillé en représailles. Le lendemain, les deux responsables du FN, Marcel Nicolai et Don Jacques Martinetti, tombent sur une forte colonne allemande alors qu'ils revenaient à moto de Sartène, chargés de l'ordre de faire sauter le pont de Zonza. Fusillés sur place, ils sont vengés le lendemain par 80 résistants du village. Dans la petite plaine de Ciniccia, mitraillettes et fusils de chasse affrontent les fusils-mitrailleurs des blindés, mais, contre toute attente, la victoire est du côté des Corses. L'enthousiasme de la victoire conduit le commandant Pietri et cinq groupes de résistants san gavinais à harceler les colonnes allemandes, le 14, à Quenza jusqu'à sa libération définitive.

Le 15 septembre, une forte colonne allemande avec des véhicules blindés, des canons d'assaut et des camions transportant 3 000 hommes, part de Porto-Vecchio, se dirige vers Carbini et Levie, avec pour objectif les cols de la dorsale, situés à une altitude d'environ 1 000 mètres. Elle ne passe pas par l'Ospedale, que les Allemands ont menacé de raser, défendu héroïquement par les résistants, mais par la route stratégique. 

Le 17, après l'installation de la tête de pont d'Ajaccio, les Français font mouvement vers le Sartenais et les principaux cols de la dorsale corse. Au cours des trois jours précédents, les patriotes, appuyés par des éléments italiens, ont contenu les Allemands dans leur tentative de progression de Bonifacio vers Sartène par Levie. La bataille de Levie a donc permis de conserver Ajaccio. Le Bataillon de choc est le premier à rejoindre les résistants qui, désormais, guident les chocs et combattent à leurs côtés. Ils participent au harcèlement des colonnes allemandes sur l'est de la Corse. Considérés par les Allemands comme des terroristes, ils sont fusillés s'ils sont pris les armes à la main.